一、简化遗传分析。染色体组的完整补充（包括隐性性状），在表型水平上表达，含有致死突变的植株，基因缺失被消除了。由于只有一组染色体，故没有显性性状掩盖隐性性状的问题，可以直接从其表型判断其基因型。因此单倍体是研究基因的良好材料。单倍体最著名的应用就是在代混杂系统中产生简单质量或数量性状表型筛选的纯合二倍体。此外，单倍体经诱变发生基因突变时，会随之在植株性状上表现出来，有利于筛选隐性突变。

二、缩短育种年限。杂合体自交后代的遗传性状会发生分离，要获得稳定遗传的后代，往往需要进行连续多代的自交。而应用单倍体育种技术，纯合二倍体只需要一个世代经单倍体的染色体加倍就能得到。即将从杂合体分离的配子体进行培养得到单倍体植株，再经染色体加倍就可获得遗传性稳定的纯合二倍体，只需要两年左右的时间，大大地缩短了育种年限。双单倍体的方法在培养新品种的时间上比常规育种方法减少了2-4年。这项技术正在被应用到作物改良工程，并辅助进行改良品种的发展。

三、提高选择效率。四、克服远缘杂种的不育性。五、经单倍体加倍而成双单倍体可作为AFLP、RAPD、SSR等分子标记和遗传图谱绘制研究的理想材料。